SA Graan November 2018

79 / 92

Genoomvolgordebepaling van
broodkoring uiteindelik afgehandel
– maar wat beteken dit vir ons?
Vir dekades wat kom sal ons in die klas na 17 Augus-
tus 2018 verwys. Nie omdat president Donald Trump of
een van ons plaaslike politici iets ydel en stompsinnig kwyt
geraak of gedoen het nie, maar omdat die genoomvolgor-
de van broodkoring na meer as ’n dekade se werk uiteindelik in
die tydskrif Science gepubliseer is (DOI: 10.1126/science.aar7191).
Hoewel daar al vir geruime tyd konsepvolgordes beskikbaar is,
word dit as die eerste volledig voltooide weergawe beskou (IWGSC
RefSeq v1.0), want sover dit genoomvolgordebepalingsprojekte
betref, het jy dit eers amptelik “gemaak” as jou eweknie-geëvalueerde
en bevestigde artikel in Science of Nature verskyn.
As jy boonop die hele uitgawe oorheers en die voorblad beset,
dan weet jy dit is werklik ’n groot gebeurtenis – jy maak geskiedenis!
Waarom het dit so lank gevat?
13 jaar. Dit is ’n lang tyd in die wetenskap. Dít is hoe lank dit gevat
het om koring se volgordebepaling af te handel. Die mens, mielies,
rys en byna elke ander denkbare organisme is lank reeds afgehandel.
(My vrou het selfs al die organisme wat snotsiekte by volstruise
veroorsaak as deel van haar navorsing afgehandel!) Verder doen
ons al selfs genotipering deur volgordebepaling geroetineerd in ons
navorsingsprojekte vir koring.
Terug by die traagheid. Daar is drie redes:
Eerstens is koring se genoom 16GB-basis groot – 35 keer groter
as dié van rys. Dit is selfs groter as die mens s’n.
Tweedens kan ons die genoom se samestelling blameer. Koring
bestaan uit drie subgenome wat oor die afgelope paar duisend
jaar saamgesmelt is.
Laastens is koring ’n selfbestuiwende gewas. Die belangrikste
internasionale saadmaatskappye wil nie werklik groot geld
daarin belê nie. Nie soos byvoorbeeld met mielies die geval is
nie.
So, koringwetenskaplikes was darem nie lui nie, maar net swak
befonds – met te min hande.
Internasionale samewerking
tot die redding
Wat doen jy dan as jy te min geld en mannekrag het? Jy werk
saam met ander en deel jou hulpbronne ten einde jou doel te be-
reik. Jy verdeel ook die werk.
Om dit te organiseer is die International Wheat Genome Sequenc-
ing Consortium (IWGSC) gestig. Vandag het die IWGSC rofweg
2 400 lede in 68 lande. My laboratorium, en die graangenomika-
laboratorium van Prof Oberholster in my departement, is ook lede.
Die uiteinde van die samewerking was dat die artikel oor die
volgordebepaling uiteindelik meer as 200 medeskrywers
het, afkomstig uit 20 lande en werksaam by meer as 70 na-
vorsingsinstansies. Dit is natuurlik belangrik om te beklemtoon
dat die data vryelik beskikbaar is – wat voortspruit uit die samewer-
king en meestal publieke befondsing wat gebruik is.
ACGT
Adenien (A) wat paar met tiamien (T) en guanien (G) wat paar
met sitosien (C) is die vier stikstofmolekules wat tydens volg-
ordebepaling bepaal word.
Só is daar in die volgorde wat op 16 Augustus 2018 vrygestel is
16GB se ACGT’s. Die ACGT’s is min of meer gelyk oor die
42 chromosome van koring versprei. Die basisse vorm die onderskeie
gene en dit word met ’n kombinasie van prosesse, waarna verwys
word as transkripsie en translasie, uiteindelik omgesit na aminosure
wat weer vir ons proteïene vorm – waarvan ensieme seker as die
belangrikste uitkoms beskou kan word.
77
November 2018
OP PLAASVLAK Saad
Volgordebepaling / Koring / Navorsing
WILLEM BOTES, voorsitter: Departement van Genetika, Universiteit van Stellenbosch
en navorsingsleier: DWT-Graan SA Nasionale Koringteeltplatform
Die voorblad van die Science-uitgawe waarin genoomvolgorde
bekend gemaak is.